Пенькин - ПЕНКИН, ПЕНЬКИН, ПЕНЬКОВЫЙ.
Фамилия, образованная от личных имен или прозвищ. Существительные с суффиксом -к- (преимущественно уменьшительным) широко используются в прозвищах. В словаре личных имен приводятся уменьшительно-ласкательные формы Пена, Пеночка, Пенка от имен: Пеон (от греч. paionios - врач, целитель) и Феопент (от греч. theos - бог и pempo- посылать). Вряд ли фамилия произошла от пенька (пня), скорее от Пенько (с ударением на -о) - одной из уменьшительной форм имени Петр.